Den Ort Seedorf gründeten 1725 nachgeborene Bauerssöhne der Umgebung. Dieser Ort entstand auf der mehr als 1200 Tagwerk umfassenden Hohengebrachinger Heide. Seedorf wurde planmäßig als Reihendorf errichtet. Mit neun Gütel und einem Dorfhirthaus. In Seedorf erhielt jeder Siedler genau 30 Tagwerk. Die Siedler erbauten sich ein Häusl mit Stall und eine Schupfe. Sie rodeten den Grund, der mit Bauschen und Stauden überflogen war. In Seedorf standen zu Beginn des Jahres 1726 die neun Bausölden fertig und in diesem Jahr konnten sie die erste Wintersaat der Erde anvertrauen.
Massiv angefeindet wurden die Siedler von Anfang an. Der Schlossherr Graf Lerchenfeld auf Gebelkofen richtete wegen Beeinträchtigung seiner Jagd durch die Urbarmachung eine Beschwerdeschrift an die Regierung und verdächtige darin die Kolonisten »als Winkelhäusler, die nur von dem Wildpretschießen, Fallenlegen, Hasedrähtenrichten, von Diebstahl in Holz und Feld lebten. Auch sämtliche umliegende Höfe, Weiler und Dörfer standen der Besiedlung feindlich gegenüber, weil alle dorthin ihr Vieh auf die Weide trieben. Energisch protestierten sie bei Gericht.
So zogen am Pfingstsonntag 1725 nach dem Gottesdienst fünfzehn Peisinger Untertanen mit ihrem gesamten Viehbestand von 131 Stück auf die Heide und trieben die Herde in die von den Seedorfern erkauften und gerodeten Gründe. Bei Gericht entgegneten die Peisinger, sie hätten nur auf den siebzig Juchert geweidet, die ihnen als Weideplatz in Aussicht gestellt worden sind. Der Schlittenhang im Winter ist im Sommer gleichzeitig Übungshang für Gleitschirmflieger. Seedorf gehörte bis zur Gebietsreform zur Gemeinde Poign. Pfarrlich seit der Ortsgründung zur Pfarrei Hohengebraching.
Nahe Seedorf sollte ein großes Gewerbegebiet entstehen. Später war ein ADAC Fahrausbildungszentrum bzw. an der Staatsstraße ein Gewerbegebiet geplant. Es wurde von einer Bürgerinitiative verhindert. Das geplante Hippotherapiezentrum wurde ebenfalls nicht errichtet.
